May handaan sa bahay ni Don Santiago de los Santos. Maraming handa, Dumalo ang mga kaibigan at kakilala ng Don. Nagsidalo rin pati na ang mga taong hindi inimbita. Masaya ang lahat sa nasabing pagtitipon. Kaya lamang ay nauwi sa pagtatalo ang pagsasaya ng iba, tulad ng nangyari kina Padre Damaso at sa tenyente ng guardia civil. Talo pa nila ang mga walang pinag-aralan. Dumating mula sa Europa si Crisostomo Ibarra, anak ng namatay na si Don Rafael. Hinangaan siya at binati ng maraming panauhin sa bahay ni Kapitan Tiyago. Nagulat si Crisostomo Ibarra sa pagtatakwil ni Padre Damaso sa kanyang pag-aalala nang lapitan siya ni Tenyente Guevarra at purihin niyon ang kanyang ama.
Masaganang hapunan ang inihanda ni Kapitan Tiyago bilang pasasalamat sa Mahal na Birhen sa pagdating ni Crisostomo Ibarra mula sa Europa. Ang pakikipag-usap ng ilang panauhin kay Ibarra habang naghahapunan ay humanga sa pagsasalaysay niya ng kanyang nakikinig sa kanyang pagsasalita, marami ang namasid at palagay tungkol sa kalagayan ng mga bansang nalakbay na niya. Ang opinyon ni Padre Damaso ay pagsasayang lamang ng salapi ang gayon. Nainsulto si Ibarra sa ipinahayag ng dating pari sa kanyang bayang San Diego. Umalis siya nang hindi pa tapos ang hapunan.
Isinalaysay ni Tenyente Guevarra kay Crisostomo Ibarra ang naging dahilan ng pagkakabilanggo at pagkamatay ni Don Rafael. Dahil sa pagtatanggol ni Don Rafael sa isang batang lalaki na gustong saktan ng artilyero ay naitulak niya iyon. Nabagok ang ulo ng artilyero. Hindi na yaon muling natauhan at tuluyan nang namatay. Hinuli ng pulisya si Don Rafael Ibarra. Tumagal ang paglilitis ng kanyang usapin hanggang sa namatay na siya sa loob ng bilangguan ng may sakit. Sa tinuluyang silid ni Crisostomo Ibarra ay iba-ibang pangitain ang nakita niya sa kanyang isipan. Naging abalang lubha ang kanyang pag-iisip sa malupit at malungkot na kapalarang sinapit ng kanyang ama. Hindi na tuloy niya napag-ukulan ng pansin ang mga tanawing makapagpapaligaya sa puso.
Mauuri ang mga taong naglalarawan sa pagkatao ni Kapitan Tiyago. May humahanga at natutuwa sa kanya. May namimintas at naiinis. May mga nasusuklam dahil sa kanyang mga pandaranas at katusuhan sa negosyo. Salapi ang ginagamit niya sa pagliligtas ng kanyang kaluluwa. Marahil ay dahil sa pag-aakalng mabibili niya pati na ang Diyos. Ngunit, ano man ang kapintasan ni Kapitan Tiyago ay sinasabing mahal na mahal niya ang anak na si Maria Clara kahit na hindi niya ito kamukha. Inakala ng mga kamag-anak ni Kapitan Tiyago na gawa ng paglilihi sa mga santol ng asawa niyang si Donya Pia ang pagka-mestisa ni Maria Clara. Sinasabi ring ang donya ang isa sa mga dahilan ng lubhang pagyaman ng Don.
Dumalaw si Crisostomo Ibarra sa kasintahan niyang sa Maria clara sa bahay ni Kapitan Tiyago sa Binondo. Sa kanilang pag-uulayaw sa balkonahe ay sinariwa ng balisa si Kapitan Tiyago bago at pagkatapos ng pag-uusap nila ni Padre Damaso. Samantala, ay isang matandang pari sa kanilang korporasyon ang dinalaw ni Padre Sibyla. Nasabi ng paring may sakit na kailangan nang magbago ng pamamalakad ang mga prayle sa Pilipinas sapagkat namumulat na ang isipan ng mga tao sa katotohanan kinabukasan ay Araw ng mga Patay. Kailangan niyang umuwi sa San Diego upang dalawin ang libing ng kanyang amang si Don Rafael Ibarra.
Nasisiyahang pinanood ni Ibarra ang mga nadaraanan niyang mga tao’t bagay-bagay sa mga lansangan at mga pook na binagtas ng kanyang karwahe mula sa Binondo. Itinulad niya ang mga iyon sa mga naobserbahan niya sa kanyang paglalakbay sa mga bansa sa Europa. Nasabi niyang higit na mauunlad ang mga bansa sa ibayong dagat kaysa sa sarili niyang bayan. Kinausap ni Padre Damaso si Kapitan Tiyago tungkol sa isang mahalagang bagay na sila pa lamang ang nakakaalam. agkasuyo ang masasaya at malulungkot nilang karanasan. Dahil sa matamis nilang pag-uulayaw ay muntik nang malimutan ni Ibarra na. Dating isang maliit na nayon lamang ang bayan ng San Diego. Mayaman ito sa anking mga bukirin at lupaing pinag-aanihan ng palay, asukal, kape, at prutas na naipagbibili sa iba pang mga bayan. Bukod sa ilog na parang ahas gubat sa gitna ng luntiang bukid ay angkin pa rin ng San diego ang isang gubat na nagtatago ng maraming alamat. Isa na rito ang kwento ukol sa mga ninuno ni Crisostomo Ibarra.
Dadalawa ang talagang makapangyarihan sa bayan ng San Diego. Sila’y ang kura ng kinatawan ng Papa sa Batikano, at ang alperes na kumakatawan sa mga tauhang sa halip na mag-utos ay siyang inuutusan. Ang mga makapangyarihan. Todos los Santos. Dumalaw si Crisostomo Ibarra sa libingan. Hinananap nila ng kasamang katulong ang puntod ng kanyang amang si Don Rafael, ngunit hindi nila iyon natagpuan. Isinalaysay ng sepulturero ang kahilahilakbot na nangyari sa bangkay ng Don dahil sa utos ng “Malaking Kura’. Nilisan ni Ibarra ang libingan na gulong-gulo ang isp. Diniian niya sa balikat ang nakasalubong ang kura sa pag-aakalng iyon ang humamak sa bangkay ng kanyang ama. Kakaiba sa karaniwan ang mga kilos at paniniwala ni Pilosopong Tasyo. Kaya may mga nagbabansag sa kanyang pilosopo at may nag-aakala ring siya ay isang baliw. Sa mga ipinahayag niyang kaisipan ay mapupunang maka-siyensya, makatao, at maka-Diyos ang kanyang mga paniniwala sa buhay.
Mga sakristan sa simbahan ng San Diego sina Basilio at Crispin. Gabi na’y nasa kampanaryo pa ang magkapatid. Ayaw silang pauwiin ng sakristan mayor hangga’t hindi nila naililitaw ang salaping (tatlumpu't dalawang piso) ibinibintang sa kanila na ninakaw ni Crispin. Pinag-uusapan ng magkapatid ang nararapat na gawin para makauwi na sila sa kanilang ina nang dumating sa kampanaryo ang sakristan mayor. Kinaladkad niyang pababa si Crispin at pinagsabihan si Basilio na huwag munang umuwi, lampas alas diyes na daw sya ng gabi makakauwi. Ang sinasabing curfew ay alas nueve lang ng gabi.
Maraming katangian si Sisa… mabuti at masasama. Nakaimpluwensya nang malaki sa asawa ni Sisa ang nasasabing mga katangian. Sa pamamagitan ni Sisa ay nailantad ni Dr. Rizal ang mabubuti at masasamang katangian ng babaing Pilipina. Hindi maitatanggi na ang masasamang kaangkinan ay nagbubunga rin ng masama.
Sa pag-uwi ni Basilio mula sa kumbento ay sinita siya ng guardia civil. Nagtatakbo siya nang takot lalo pa nga’t hindi niya naintindihan ang itinanong ng Kastila. Pinaputukan siya at nadaplisan ng bala sa noo. Binalak niyang iwan ang pagsasakristan at pumasok na lamang bilang pastol kay Crisostomo Ibarra. Ipinagtaka ng mga namamahala sa pista ang hindi pagpapahalik sa kanila ng kamay ng pari. Samantala, napabilang si Sisa sa mga nagdurusang kaluluwa nang malamang wala sa kumbento ang susunduin sana niyang anak na si Crispin. Gayon na lamang ang pagkabahala ni Sisa. Naipayak siya sa kusina ng kumbento kaya’t ipinagtabuyan siya ng kusinero.
Nagtanong si Crisostomo Ibarra sa guro ng paaralan sa San Diego ng tungkol sa problema sa edukasyon. Isinalaysay ng guro ang iba’t ibang problema pa rin ang kahirapan ng mag-aaral at kakulangan sa mga kagamitan sa pagtuturo. Nakabibigat pa sa lahat ng ito ang kawalan ng kalagayan ng guro sa kanyang pagtuturo at ang wikang gamit sa panturo.
May pulong sa tribunal ng San Diego. Mga namumuno sa mga nayon at bayan ang nagmimiting. Adyenda ng miting ang mga gagawing pagdidiriwang para sa pista ng San diego. Naging mainitan ang pagtatalo sa mga mungkahing iniharap, lalo na ang ukol sa balak na iminungkahi ni Don Filipo. Gayunam’y pinagtibay ang mungkahi ng isang karaniwang kasapi. Nang nagkakasundo na ang lahat tungkol sa idaraos na mga pagdiriwang ay saka ipinaalam ng kapitan na hindi maisasagawa ang pinagkasunduan ng dalawang partido sapagkat iba ang gusto ang kura para sa pista. Si Sisa ay hinuli ng dalawang guardia civil dahil sa hindi natagpuan ang dalawa niyang anak na pinagbintangang magnanakaw. Gayon lamang ang hiya ni Sisa nang dalawang oras siyang makulong sa kwartel ng mga sundalo. Pinalaya naman siya ng alperes pagka't pakana lamang daw ng kura ang pagsusuplong kay Sisa. Maraming pangyayaring pinatindi ng pagkakakita ni Sisa sa duguang kapirasong damit ni Basilio – ang siyang nagging dahilan ng kanyang tuluyang pagkabaliw.
Dumating na sa San Diego sina Maria Clara at Tiya Isabel. Halos magkapasabay na pumunta sa bahay ng dalaga sina Ibarra at padre Salvi. Gayunpaman ay nagbatian ang dalawa. Inanyayahan ni Ibarra si Salvi sa piknik na gagawin sa gubat ng mga magkakaibigang binata at dalaga sa San Diego. Tinanggap ng pari ang paanyaya. Nagmamadaling nagpaalam si Ibarra sa kasintahan upang ihanda ang mga kailangan sa piknik. Sa daan ay isang lalaki ang kumausap sa kanya. Natupad ang kahilingan ni Maria Clara kay Ibarra na magpapiknik sa kanilang mga kaibigan. Dalawang bangkang malaki ang pinangayan ni Ibarra. Ang mga ito ang ginamit nilang magkasama sa pangingisda ng kanilang pananghalian at sa pagtawid sa lawa patungo sa gubat na pagpipiknikan. Ang kasayahan ng magkakaibigan ay pinalungkot sandali ng inawit ni Maria Clara. Nabahiran din iyon ng pangamba nang pumasok sa baklad na unang pinangisdaan ang isang buwaya. Sa nasabing sitwasyon ay iniligtas sa kapahamakan ni Ibarra ang pilotong sumasagwan ng bangka ng kanilang sinasakyan. Sa gubat idinaos ang masaganang pananghalian na inihanda ni Crisostomo Ibarra para sa mga panauhing inanyayahan; sina Padre Salvi at ang alperes o tenyente ng guardia civil. Nagturu-turuan sa pananagutan ang dalawang batang sakristan. Namagitan sa kanila si Ibarra nang hindi na lumala pa ang pagkakakitan ng dalawa. Kinaawaan ng mga nagsisipagpiknik si Sisa na nakarating sa gubat sa pagpapalabuy-laboy. Binalak ni Ibarra na ipagamot si Sisa at ipahanap ang dalawang anak niyon. Sa pagtatapos ng piknik ay dumating naman ang sarhento ng mg guardia civil. Hinanap nila ang piloto na Elias ang pangalan dahil sa pagkakagulpi niyon kay Padre Damaso at dahil din sa pagkakahulog ng tenyente sa luba na puno ng putik.
Isang kubo sa tabi ng batis ang tinungo ni Elias, o piloto, pagpanggaling niya sa piknik. Ang kaibigan niyang dalaga, si Salome, ang naninirahang mag-isa sa nasabing kubo. Hindi malubos ang pag-iibigan ng dalawa dahil sa kahirapan nila ni Salome ang kanilang magiging anak, kaya’t hindi niya pinigilan ang dalaga sa balak niyang paglayo upang manirahan sa mga kamag-anak niya sa Mindoro.
Sinadya ni Crisostomo Ibarra ang bahay ni Pilosopong Tasyo upang humingi ng payo tungkol sa balak niyang pagtatayo ng paaralan sa San Diego. Unang ipinayo ni Pilosopong Tasyo ang paglapit ni Ibarra sa kura upang isanguni ang plano. Bukod ditto kailangan paring sumangguni ang binata sa iba pang makapangyarihan sa bayan. Sa simula’y tinutulan ni Ibarra ang gayong mga payo. Ikinatwiran niyang mabuti ang kanyang layunin kaya’t tiyak na magtatagumpay sa tulong ng ilang matitinong tao sa bayan. Ipinaalaala ni Pilosopong Tasyo kay Ibarra na hindi maaaring makibagay sa pari at iba pang makapangyarihan ang binata, ipinayo ni Pilosopong Tasyo na isaisantabi na muna iyon ang balak sa pagpapatayo ng paaralan. Abala ang lahat sa paghahanda para sa pista ng San Diego. Natatangiang mga pagkain ang inihanda sa malalaki at maliliit mang bahay. Ang kasiglahan ay higit na kapansin-pansi sa mga lansangan sinabitan ng mga papel na iba-iba ang kulay at pinaparadahan ng mga banda ng musiko. Bukod sa paghahanda ng mga pagkain ay naghahanda rin pa sa isang malakasang sugalan ang mayayaman. Tila tampok ng pista ang pagsisimula ng paggawa para sa ipinatayong paaralan ni Crisostomo Ibarra. Gayon na lamang ang paghanga ng marami sa binata dahil sa kapakipakinabang na proyekto niyon. Tanging si pilosopong tasyo ang hindi malubos ang kasiyahan gawa ng kung anong pangitain niya. Kagabihan ng bisperas ng pista sa San Diego ang kagandahan ng dalaga. Tumingkad ang gayong kagandahan dahil sa anyang taglay na kabaitan at kagandahang-loob. Pinaunayan ito ng iba’t ibang mga pangyayaring naganap sa kanilang pamamasyal.
Tungol sa sulat ng kabanata 29. Dalawa sa nasabing sulat ang nagbabalita at naglalarawan ng maulay na selebrasyon para sa pista ng San Diego gayong bispeas pa lamang. Makikita ang mga kapintasan ng mga Pilipino sa gayong paglalarawan. Ang isa ang isa pang sulat para kay Ibarra na mula kay Maria Clara. Punong ng pag-aalaala at hinampo ang sulat ng dalaga. Araw ng pista sa San Diego. Masasasihan ang iba-ibang bagay na ginanap bilang selebrasyon sa pista. Mga bagay na sa palagay ni Pilosopong tasyo ang mga pagmamalabis na lalo lamang nagpapahirap sa bayan, ngunit taun-taon ay pilit na ipinagagawa sa mga Pilipino para mapagtakpan ang paghihirap ng bayan. Ni walang naipasok na pagbabago ang isang pinunong Pilipino ng tulad ni Don Filipo, pagkat halimbawa siya ng mga pinunong dinidiktahan ng mga dayuhan.
Nasa loob na nga simbahan ang mga mamamayan ng San Diego…ang mayayaman at mahihirap, ang pinunong bayan at magbubukid. Masikip sa loob ng simbahan kaya’t sarisaring dama sa buhay ng tao ang mapapanood. Saisari rin ang maraamdaman. Si padre Salvia ng nagmisa at naging kapuna-puna ang madalas sa pagkawala niya sa tono ng kanyang binigkas at kinakanta. Sa Maraming pangyayari ay naipamalas ni Dr. Jose Rizal ang kanyang humor sa pagsulat. Punong-puno ng mga tao ang simbahan ng San Diego. Maganda ang simula ng sermon ni Padre Damaso. Hinangaan ng marami ang sermon lalo na ng mga paring naunang nagsermon. Naga-alaala ang mga iyon na mahigitan ni Padre Damaso sa pagsesermon. Ngunit mga “barbaro” tuloy sila sa paningin niyon. Lumalabas na tila nasang ang buong umaga ni Padre Damaso sa pagsesermon. Isang lalaking may maputlang mukha ang nagprisenta sa namamahala ng pagpapatayo ng paaralan. Naprisinta siyang magtayo ng panghugos na gagamitin sa sermonya sa paglalagay ng pulok na bato sa itatayong paaalan sa San Diego. Mukhang namang matibay at matatag ang itinayo niyang paghugos. Ngunit sa hinda malamang dahilan ay bigla iyong nagiba at bumagsak nang si Ibarra na ang nasa huay sa katapat ng panghugos. Kataka-taka in gang lalaking nagtayo nh panghugos ang nabagsakan niyon, athindi si Ibarra. Dumalaw sa tahanan si Ibarra si Elias. Muli niyang pinaalalahanan ang binatang mag-ingat sa mga kaaway niyon. Sa pag-uusap nina Elias at Ibarra ay pinagtakpan nitong huli. Ang matatayog ng mga aisipang ipinahayag ng kahaap. Naunawaan ni Ibarra na lalong tumindi ang pananalig ni Elias sa Diyos nang mawalan iyon ng tiwala sa tao. Subalit ninais niyang maligtas sa kapahamakan si Ibarra para sa kapakanan ng bayan. Maayos ang simula ng handaan. Sagana sa pagkain. Masigla ang lahat. Pinasuan ng munting pag-aalala ang ilang makapangyarihan sa pagdating ng telegramang mula sa gobernado-heneral. Gayon pa man ay nagpatuloy ang kasiglahan, subalit muling nauntol sa pagdating ni Padre Damaso. Dinugtungan niyon ang mga pagpaparungit na sinimulan sa anyang sermon sa simbahan. Nang banggitin niyang muli ang tunkol sa alaala ni Don Rafael Ibarra ay hindi na nakapagpigil si Cisostomo Ibara. Galit nag alit na hinarap ng binata ang pari.
Kumalat ang balita tungkol sa nangyari kina Ibarra at Padre Damaso sa handaan. Bawat grupo ng mamamayan ng San Diego ay iba ang nagging palagay sa dapat o hinda dapat ginawa ni Ibarra at ng pari. Bawat isa’y humuhula rin sa iba pang mangyayari dahil sa naganap sa dalawa. Ang mahihiap na magbubukid ang higit na nalulungot at nag-aalaala dahil sa maaaring hindi na matuloy ang pagpapatayo ng paaralan. Hindi na rin maaaring makapag-aaaral ang anilang mga anak. Pati sina Kapitan tiyago at Maria Claa ay napasama o naapektuhan sa nangyai kina Padre Damaso at Ibarra. Naeksumulgado si Ibarra. Pinagbilin naman si Kapitan tiyago na putulin ang relasyon niyon kay Ibara at iurong na ang kasal nina Maria Clara at Ibarra. Iniluluha ni Maria Clara ang nanganganib na pag-iibigan nila ng binat. Pinopoblema naman ni Kapitan Tiyago ang malaking halagang utang niya kay Ibarra na kailangang bayaran niya kaagad kung puputulinniya nag elasyon sa sana’y mamanugangin niya.
Dumating ang goberndor-heneral sa San Diego. Maraming humarap sa kanya upang magbigay-galang. Isa na rito si Ibara na sadya niyang bayan at sa mga makabgong ideya nito sa pamamalakad sa bayan. Hinangad niyang matulungan ang binat, ngunit sinabi niyang maaaring hindi niya iyon laging magagawa. Inakit niyang manirahan si Ibarra sa Espanya sapagkat nanghihinayang siya sa binata.
Hindi naipagsaya sa araw ng kapistahan ng San Diego si Donya Consolacion. Pinagbawalan siyang magsimba ng kanyang asawa dsa ikinahihiya siya niyon. Nag-iisa sa kanilang bahay si Donya Consolacion habang nagsasaya ang karamihan sa mga mamamayan, kaya’t si Sisa ang napagbalingan niya at pinaglupitan.
Isa pang pagdidiriwang para sa kapistahan ng San Diego ang ginanap sa plasa. Ito’y ang pagtatahanghal ng stage show. Sarisaring kilos at katangian ng iba-ibang uri ng tao ang maoobserbahan sa dulaan. Maaming tao ang naligalig ngunit iba-iba ang dahilan ng kanilang pagkakabalisa. Kaya’t ang magarbong pagdiriwang ay nagwakas sa kaguluhan. Hindi makatulog si Ibarra dahil sa iba-ibang isipinag gumugulo sa kanya kaya’t inumaga siya sa pagtitimpla ng kung anu-anong kemikal sa kanyang aklatan. Naabala siya sa pagdating ni Elias na nagbabalita sa kanya ng patungo nito sa Batangas at pagkakasait ni Maria Clara. Buong pusong pinasalamatan ni Ibarra si Elias sa pagiging maalalahanin niyon. Kabaligtaran ng gayong kilos ang ipinamalas niya sa ikalawang panauhin dahil sa nahalata niyang pangunguwarta niyon. Malungkot noon sa bahay ni Kapitan Tiyago sapagkat may sakit si Maria Clara. Dahil dito ay naipatawag si Dr. Tibucio de Espadaña, na asawa ni Donya Victorina, upang siyang tumingin kay may Maria Clara. Naging magasawa ni Don Tibucio at Donya Victorina pagkat natugunan ng bawat isa sa kanila ang magkaiba nilang mahigpit na pangngailangan. Mahuhulaan nang hindi kasiya-siya ang kanilang pagsasama dahil sa nasabing dahilan ng pagkakasal nila sa isa’t isa. Isang bagong tauhan ang nakilala sa kabanatang ito… si Alfonso Linares na inaanak ng bayaw ni Padre Damaso. Naging administrado sana siya ng mga ari-arian ni Donya Victorina ung totoo lamnag ang inamalita niyong pagdadalantao.
Labis na ikinalungkot ni Padre Damaso ang pagkakasakit ni Maria Clara. Nahalata ng mga taong nakapaligid sa kanyang pagkabalisa. Tila nalibang lamang siay nang aunti nang ipakilala sa kanya ni Donya Victorina ang binatang Kastilang si Alfonso Linares. Waring nag-iisip si Pade Damaso nang makilala niya ang inaanak ng kanyang bayaw na ipinagbilin sa kanya sa sulat nito. Samantala, takangtaka si Lucas nang sigawan siya at ipagtabuyan ni Padre Salvi nang ibinalita niya rito ang pagbibigay sa kanya ni Ibara ng limadaang pisong bayad-pinsala. Nabiant si Maria Claa pagkatapos makapangumpisal at iba- iba ang hatol ng mga taong nakapaligid sa kanya inihanda ni Tiya Isaabel si Maria Clara sa isang mabuting pangungumpisal na muli. Siyang-siya si Tiya Isabel sa naitang pagluha ng dalaga pangkat nangangahulugan iyon ng pagsisisi ayon sa kanya.
Isang matandang lalaking dating kumupkop kay Elias ang kasalukuyang nagtatago sa mga abundukan sapagkat siya ay nagging rebelde laban sa pamahalaang Kastila. Natagpuan siya ni Elias sa kanyang pinagtataguan at pinakiusapang magbagong-buhay. Ipinaliwanag ni Elias na may mapakikiusapan siyang isang mayamang binata para maging tagpagsalita nila sa Cortes sa Espanya tungkol sa mga karaingan ng mga mamamayang naaapi sa Pilipinas tulad ng matandang lalai, Tandang Pablo. Pinagduduhan ni Tandang Pablo kung papanigan ang mga naapi ng binata sapagkat iyon ay mayaman, at ang mga mayayaman ay walang hangarin kundi ang lalong magpayaman. Ang sabong ay bahagi na ng kultura ng mga Pilipino. Sa sugal na ito ay makiita ang katangain at kapintasan ng mamamayang Pilipino. Hindi lang paglilibangan ang nagaganap sa sabungan. Makikita rin na isang pook tiong panangyayarihan ng iba-ibang klase ng pandaraya at pakana. Para itong baying kaikitaan ng mga taong nagsasamantala at pinagsamantalahan.
Namasyal sina Donya Victorina at Don Tiburcio sa mga hayag na lansangan ng San Diego. Nakakahawak pa ang donya sa asawa at may pagyayabang na mababakas sa kanyang anyo. Kay, gayon na lamang ang kanyang pagkainis nang hindi siya pansinin ng mga taong nakasalubong, lalo na nga ng omandante. Nagyaya na tuloy siyang umuwi. Nag-away sila ni Donya Consolacion nang mapatapat silang mag-asawa sa bahay ng komandante. Dahil sa nangyayaring pagkampi ng komandante kay Donya Consolacion ay pinagbantaan ni Donya Victorina si Linaes na ibubunyag niya ang lihim ng binat apag hindi niyon hinamon ng duwelo ang komandante. Dumating na muli sa San Diego si Ibarra pagkatapos ng ilang araw na pag-aasikaso sa kanyang kaso. Napatawad siya sa pagkaeskandalo ng mismong arsobispo. Kaagad niyang dinalaw si Maria upang ibailta iyon. Ngunit tila may namagitang hindi pagkakaunawaan sa dalawa dahil sa dinatnan ni Ibarra si Linares sa bahay ni Kapitan Tiyago. Samantala, nagtaka si Ibarra nang Makita niyang nagtatrabaho si elias kay Maestor Juan gayong wala iyon sa talaan ng mga manggagawa.
Dumating si Ibarra sa tipanan nila ni Elias. Habang namamangang patungo sa kabilang bayan ay sinabi ni Elias kay Ibara ang mga karaingan ng mga manghihimagsik. Inakala ni Elias na makatulong si Ibaa sa pagpapaating sa nasbing mga kanilang palagay ni Ibara tungol sa guardia civil at oporasyong ng mga prayle. Matapos na maibulalas ni Elias ang kasaysayan ng kanyang angkan. Nagulumihan si Ibarra sa kanyang nairinig na alupitan ng tao sa kapwa tao. Hiniling ni Elias kay Ibarra na manguna iyon sa pagpapaating ng mga karaingan ng mamamayan sa pamahalaang Kastila sa Espanya upnag magkaroon ng pagbabago sa pamamalakad ng pamahalaang sa Pilipinas. Tumanggi si Ibarra sa pag-aakalang hindi pa napapanahon ang gayong kahilingan. Ipinasya ni Elias na tupain ang ipinangao niya ay Kapitan Pablo.
May mga nagbagong-kilos sa ilan sa mga tauhan sa nobelang ito. Hindi pa matukoy ang dahilan ng ilan din sa mga pagbabagong ito, lalo na ang may kinalaman kina Maria Clara at Padre Salvi. Ngunit kapu-punang hindi nakabubuti para kay Maria Clara ang mahiwagang nangyari sa kanya. Palihim na nagtungo si Lucas sa sementeryo upang katagpuin ang ilan pang lalaki. Pinagbilinan ni Lucas ang mga iyon sa dapat isigaw sa paglusob sa kuwartel at sa kumbento. Sinundan ni Elias si Lucas, at inalam niya ang dahilan ng pagtatapu-tagpo sa sementeryo. Ngunit napilitan siyang iwang mag-isa doon si Lucas nang makaharap na sila sapagkat natalo siya sa suhal sa baraha.
Pinagtatalunan ng mga manang sa San Diego ang bilang ng kandilang may sinding kanilang nakita o kunwari’y nakita nagdaang gabi. Iba-iba rin pakuhulugan ang kanilang ibinigay sa gayong pangyayari. Samantala ay hindi ang mga kaluluwa sa purgatoryo ang paksa ng usapan nina pilosopong Tasyo at Don Filipo, kundi ang pag-unlad na sinasang-ayunan ng mga Heswita at hinahangaan sa Pilipinas, bagama’t tatlong –daan taon na itong luma sa mga bansa sa Europa. Ayon kay padre Salvi ay natuklasan niya sa pamamagitan ng isang babaeng nangumpisal sa kanya ang isang malaking sanwatan laban sa pamahalaan at simbahan. Pinuntahan ng kura ang komandante at isinumbong niya ang kanyang natuklasan. Pinagpayuhan niyang magiangat at mahinahon sa pamaraan ang puno ng guardia civil para madakip at mapagsalita ang mga may-pakana. Naghiwalay ang dalawang makapangyarihan na kapwa umaasa sa tatamuhing pag-asenso sa tungkulin at parangal. Samantala, natuklasan naman ni Elias ang pangalan ng taong siyang ugat ng lahat ng kasawian ng kanyang mga kaanak.
Dumalaw si Ibarra kay Maria Clara kinagabihan. Ngunit papasok pa lamang siya sa bulwagan ay umalingawngaw na ang sunod-sunod ng mga putukan mula sa kabayanan. Takot at kalituhan ang naghari sa mga nasa tahanan ni Kapitan Tiyago, matangi kay Ibarra. Nanaog siyang natitigilan. Nang makabalik siya sa kanyang bahay ay naghanda siyang para sa pag-alis, subalit inabutan siya ng mga papeles ni Ibarra, pagkat sinunog ni Elias ang kanyang bahay. Hindi iilang pala-palgay o sabi sabi tungkol sa naganap na tungkol sa putukan ang kumalat sa kabayanan kinaumagahan. Inilantad ng gayong pangyayari ang kalikasan ng pagkatao ng mamamayan. Mapupunanag walang nagging mabuting palagay sa nangyari. Ang isa pang napapabalita ay tungkol sa nagbigting lalaking may pilat sa bakurang malapit kina Sister Pute. Isang nag-anyong magbubukid ang napansing nangingilala sa nagbigting lalaki. Siya si Elias na nagtungo rin sa kumbento at nagpamisa. Sinabi niya sa sacristan mayor na ang nasabing pamisa ay para sa isang malapit nang mamatay.
Dalawa sa mga lumusob sa kwartel ang nahuli nang buhay. Sinikap ng komandante/alperes na imbestigahin sina tarsilio at Andong. Ipinaghihigante lamang ni tarsilio ang kanyang amang pinatay sa palo ng gwardia civil. Wala nang ano mang pahayag na nakuha si tarsilio kahit na nang timbain siya hanggang sa mamatay. Si Andong na nagkataong nanabihan sa bakuran ng kwartel dahil sa inabot ng sakit na tiyan ay pinalo at ipinakulong na muli ng komandante. Inilabas sa kulungan ng munisipyo ang mga bilanggo upang dalhin sa ulumbuyan. Walang malamang gawin ang kaanak ng bilanggo para makalya ang mga iyon. Tanging kay Ibarra lamng walang nagmalasakit nang nang gayon. Sa halip ay inulan siya ng mga bato’t dumi ng kaanak ng mga bilanggo. Isinisisi sa kanya ang lahat ng nangyaring mga kapahamakan. Nakarating sa Maynila ang nangyaring kaguluhan sa San Diego na marami at iba-iba na ang bersyon. Naging tampulan ng pamumuna ang mga tauhan sa pangyayari. Nangunguna rito sina padre Salvi at Ibarra. Marami ring ipinaaalam na kalagayan sa mamamayang Pilipino noon ang nangyari kay kapitan Tinong. Mahuhulaang inggit sa kapwa at hindi lagging ang tunay na dahilan ang ikinapapahamak ng tao. Kadalsan ding ang inaakalang walang magagawang pinsala ay siyang nakapagpapahamak sa kapwa.
Ipakakasal ni Kapitan Tiyago si Maria Clara kay Liñares, isang kamag-anak ni Padre Damaso, upang makatiyak siya ng tahimik na pamumuhay. Dahil dito’y nagging paksa ng tsimis ang dalga. Pati si Tenyente Guevarra ay naghinala sa kanya. Ipaliwanag ni Maria Clara kay Ibarra ang tunay na mga pangyayari na siyang dahilan ng paglalayo nilang magkasintahan. Nagpatuloy sa pagtakas si Ibarra sa tulong ni Elias. Ipinayo ni Elias sa kasama na mangibang bansa na. Ngunit may ibang balak si Ibarra. Nais niyang makpaghihiganti sa mga taong nagsadlak sa kanya sa bilangguan at sa mga humamak sa kanyang kapitan. Hindi sinag-ayunan ni Elias ang gayong balak sapagkat maraming walang-malay ang maaaring madamay. Ipinasiya ni Ibarra ng ituloy ang nasabing balak na hindi kasama si Elias. Nagpahatid siya sa bundok, pero natuklasan na ang kanyang pagtakas at itinugis sila ng patruya at isa pang bangkang lulan ang mga guardia civil. Tumalon sa lawa si Elias at nagpahabol sa mga tumutugis upang makalayo ang bangkang kinahihigaan ni Ibarra.
Nabasa ni Maria Clara sa pahayagan ang balitang napatay si Ibarra sa tungisan sa lawa. Ipinasya niyang huwag nang pakasal kay Liñares ito’y ipinaalam niya kay Padre Damaso. Minabuti pa ng dalagang magmongha pagkat wala na siyang pag-asang mangunita man lamang si Ibarra. Nadama ni Padre Damaso ang bigat ng pakakasalang nagawa niya sa pakikialam sa pag-iibigan nina Ibarra’t Maria Clara. Ipinagtapat niya sa dalaga ang tunay na dahilan ng gayon niyang panghihimasok.
Bisperas ng Pasko. Napasalamat ang batang si Basilio sa mag-anak na kumupkop sa kanya sa kabundukan. Nagpaalam na rin siya upang umuwi sa kanila. Nagpag-alaman niyang nabaliw ang kanyang ina at nagpagala-gala sa bayan ng San Diego. Hinanap niya iyon at nang magkita sila’y hindi siya kaagad nakilala ni Sisa kaya’t muli iyong tumakas. Nakarating ang kanyang ina sa gubat. Nang noche buenang iyon ay isa pang wari’y takas din ang dapat gawin ni Basilio. Iba-ibang klase ng kasawiang-palad ang naganap sa buhay ng mga tauhan ng nobelang ito. Tanging ang alperes/komandante ng guardia civil sa San diego ang matagumpay na nagbalik sa Espanya at gayon din naman si Padre Salvi na nataas ng tungkulin. Sarisaring balita ang kumalat kay Maria Clara – mga balitang hindi napatunayan pagkat nilukuban ng maykapal na pader ng monasteryo ng Sta. Clara.